Kontroly na pozemních komunikacích ze strany celní správy cílí zejména na pátrání po zboží uniklém celnímu dohledu. Mohou však také prověřit, zda kontrolovaná osoba nemá daňový nedoplatek.
Zjišťuje se, zda u daňového nedoplatku neuplynula splatnost platební povinnosti. Jedná se nejen o dluhy z daní, kdy je správcem celní správa (např. clo, spotřební daň, daň z přidaného hodnoty), ale také o nedoplatky v rámci dělené správy, kdy celní úřady vybírají a vymáhají i pokuty a jiná peněžitá plnění uložená např. Policií ČR, Českou inspekcí životního prostředí, Státní veterinární správou, Oblastními inspektoráty práce a dalšími orgány a institucemi.
Pokud má řidič nebo provozovatel vozidla nedoplatek na pokutě za dopravní přestupek a odmítne na místě dluh uhradit, mohou celníci v rámci své kompetence zadržet registrační značku vozidla či zabránit v další jízdě.
Velkým problémem jsou přetížená vozidla
Další kontrolovanou oblastí ze strany celní správy, která se týká podnikatelské činnosti, jsou přetížená vozidla. Ta ohrožují nejen bezpečnost silničního provozu často nevhodně zajištěným či rozloženým nákladem, ale také zatěžují a poškozují silnice.
Pokud je přistižen dopravce s přetíženým vozem, zaplatí pokutu, jeho vozidlo může být odstaveno s tím, že další cesta je mu umožněna až v momentě, kdy je náklad přeložen. A může mu být uložena kauce v řádu několika tisíců.
Kontroly cílené na přetížená vozidla, která brázdí české silnice, nemusí probíhat pouze namátkově. Stává se, že se celníci zaměří na konkrétního dopravce na základě udání.