Tak po sto padesátý (a určitě ne naposledy): GPL neznamená "zdarma a se zdrojáky volně na internetu". Smyslem GPL je, že oprávněný uživatel binárky bude mít vždycky přístup ke zdrojovému kódu.
GPL neznamená zdarma (vysloveně dovoluje nechat si platit za SW, podporu/záruku atd.), neznamená volně (vysloveně dovoluje dávat zdrojový kód třeba na CDčku a ještě s tím, že CDčko zaplatí uživatel), neznamená každému (jen oprávněnému uživateli binárky).
GPL říká, že pokud je člověk oprávněným uživatelem "binárky", má nárok na zdrojový kód. GPL říká, že pokud provedete v programu úpravy A ZÁROVEŇ distribuujete upravenou verzi, máte za povinnost dodat ty upravené zdrojáky oprávněnému uživateli upravené binárky. Povinnost poskytnout zdrojáky NEVZNIKÁ, pokud nedistribuujete binárky.
Správně jste identifikoval leda to, že pokud je část díla GPL, tak GPL vyžaduje, aby celé dílo bylo pod GPL. Akorát se zase tváříte, jako by na tom bylo něco špatného. Díky tomu, že dílo dostanete pod GPL, máte k němu automaticky všechna podstatná práva: můžete to dál prodat, můžete dělat úpravy... Nejsem právník, ale myslím si, že pokud už by web na zakázku náhodou nesplňoval podmínky zaměstnaneckého díla (kde majetková práva má zaměstnavatel už ze zákona), tak převodem majetkových práv dohodou se firma stane jediným, kdo může dílo distribuovat (a může se svobodně rozhodnout to nedělat). A to platí pod jakoukoliv licencí, i pod GPL.
Opravdu doufám, že je to z vaší strany jen omyl/neznalost a ne úmysl...