Česká republika vyčerpala 99,54 % prostředků strukturálních fondů na období 2004 – 2006. Ministerstvo financí jako Platební a certifikační orgán odeslalo koncem září Evropské komisi závěrečné žádosti o platbu za programové období 2004–2006. Prostředky strukturálních fondů v uvedeném období byly konečnými příjemci vynakládány až do poloviny roku 2009. Poté měly členské státy rok a čtvrt na uzavření všech programů.
Tímto došlo ze strany ČR k uzavření programového období 2004–2006. Po kladném posouzení těchto žádostí Evropskou komisí dojde k vyplacení zbývajících 5 %. Česká republika byla při čerpání strukturálních fondů v programovém období 2004–2006 mimořádně úspěšná. Celkově bylo v tomto období z evropských prostředků vyčerpáno 1 684,76 mil. EUR, což představuje zmíněných 99,54 %.