Dalším problémem EET je to, že bude jen pro vybrané subjekty. Pokud to má k něčemu být, tak by měl platit princip "všichni nebo nikdo".
Legrační je, že někdy i pro prakticky totožné subjekty budou platit různé podmínky. Například kolínská nemocnice bude muset EET zavést, kdežto čáslavská nikoli. Rozdíl je v tom, že první z nich je akciová společnost, kdežto druhá je příspěvková organizace, pro které bude platit výjimka.