Poplatník uplatňující výdaje procentem z příjmů si může za splnění potřebné evidence uplatnit také daň z přidané hodnoty. K vedení evidence DPH při použití výdajových paušálů nebyl ze strany Ministerstva financí vydán žádný metodický pokyn. Zákon o dani z přidané hodnoty také konkrétní formu vedení evidence pro účely daně z přidané hodnoty nepředepisuje.
Je tedy možné použít speciální program pro daňovou evidenci a pomocnou evidenci k DPH, případně starší program pro jednoduché účetnictví nebo vhodně sestavenou tabulku v Excelu. Plátce DPH vede evidenci v takovém členění, aby s její pomocí byl schopen sestavit daňové přiznání. Při dodání zboží do jiného členského státu osobě registrované k dani rovněž souhrnné hlášení. Čtěte více: Výdaje v paušální výši může uplatnit i plátce DPH