Nejsem si jist, jestli chápu vaši argumentaci (případně mě opravte), ale domnívám se, že se mýlíte.
Typickým případem v článku zmiňované situace je, když včas odevzdáte zcela správné kontrolní hlášení, ve kterém správně uvedete přijatou fakturu od dodavatele. Tento váš dodavatel však ve svém KH udělá překlep v čísle daňového dokladu (anebo ho tam uvede v jiném formátu než vy). FÚ následně zjistí, že se mu nespárovala obě KH a na základě těchto pochybností vyzve vás oba (neví, na které straně je chyba), abyste údaje změnili či doplnili, anebo údaje potvrdili [§ 101g, odst. 2]. Přestože u vás žádná chyba není, jste povinen do pěti dnů od doručení této výzvy podat následné KH (ve kterém uvedete jen to, že potvrzujete to původní) [§ 101g, odst. 3], jinak dostanete pokutu 30000 Kč [§ 101h, odst. 1c].
TL;DR: Nikde jste žádnou chybu neměl, všechno jste včas a správně podal, ale jen kvůli tomu, že jste na výzvu do pěti dnů finančáku nezopakoval, že tam _opravdu_ žádnou chybu nemáte, dostanete pokutu 30 000 Kč.