Elektronický podpis prokazuje pouze to, že faktura nebyla pozměněna - drtivá většina sporů s FÚ je přitom o tom, jestli plnění, ke kterému se faktura vztahuje opravdu proběhlo, příp. jaká je jeho povaha (zda existuje nárok na odpočet DPH a/nebo možnost uplatnění nákladu pro daň z příjmů). Auditní stopa = vazba na ostatní dokumenty je proto nezbytná vždy.