Nemocenské se vyplácí ve stanovených případech i v ochranné lhůtě. Ta činí v případě ukončení zaměstnání 7 kalendářních dní. Ochranná lhůta se uplatní v případě, kdy zaměstnanec onemocní dříve, než stačí nastoupit do nového zaměstnání. Jestliže ale původní zaměstnání trvalo měně než 7 dní, činí ochranná lhůta pouze tolik dní, kolik činilo toto zaměstnání. Náhrada mzdy od zaměstnavatele ale náleží jen za dobu trvání pracovního poměru, proto v období prvních 21 dnů vyplacena nebude a zaměstnanec obdrží až nemocenské od 22. dne nemoci.
Také v případě peněžité pomoci v mateřství existuje ochranná lhůta. Využije ji žena, které skončilo zaměstnání v době těhotenství. Lhůta činí tolik kalendářních dnů, kolik činilo poslední zaměstnání, maximálně však 180 kalendářních dnů. Čtěte více: Nemocenské dávky 2011 a uplatnění jejich nároku.