Nejvyšší kontrolní úřad zjistil, že systém přímých plateb českým zemědělcům má nedostatky v organizaci a provádění finančních kontrol.
Kontroloři se zaměřili na přímé platby v letech 2004 až 2006, kdy zemědělci dostali více než 37 miliard korun. Podle NKÚ systém poskytování přímých plateb českým zemědělcům je sice funkční a odpovídá požadavkům stanoveným právními předpisy, kvůli chybějícím finančním prostředkům na přímé platby ale například stát na úrocích zbytečně zaplatil přes 1,3 milionu korun.
Státní zemědělský intervenční fond podle NKÚ poskytl zemědělcům neoprávněně téměř 340.000 korun z evropských dotací. Fond totiž neprováděl dostatečnou kontrolu žádostí o evropské peníze. Podle prezidenta NKÚ Františka Dohnala při této kontrolní akci byly zjištěny podobné nedostatky jako při kontrole zaměřené na dotace z Horizontálního plánu rozvoje venkova.