Daňová správa se potýká s výběrem daní. Ten není jednoduchý a je ovlivněn několika zásadními faktory. Zejména se jedná o právní předpisy, které jsou vždy výsledkem politické dohody. Tím bohužel dochází k častým změnám a narůstá složitost celého systému. Uvedl generální ředitel daňové správy Jan Knížek. Samozřejmě dalším neméně důležitým faktorem je celosvětová hospodářská situace.
V souvislosti s projektem Jednoho inkasního místa a obavami spojenými s poklesem výběru veřejnoprávního pojistného a zpochybněním postupu výběru daní finančních úřadů, reagovala Česká daňová správa prohlášením, že se nemůže s těmito ničím nepodloženými domněnkami, které jsou veřejnosti podsouvány a vyvolávají vzrůstající obavy a nespokojenost, ztotožnit.
Prováděný výběr daní se dá podle daňové správy srovnávat s ostatními pouze tam, kde je porovnatelná složitost výběru. Například úspěšnost výběru sociálního pojištění lze srovnat pouze s výběrem daně z příjmů ze závislé činnosti, kde je úspěšnost výběru daňovou správou téměř stoprocentní. U daní se složitým výběrem je výtěžnost o něco málo nižší (např. u daně z příjmů fyzických osob podávajících daňové přiznání byla v roce 2010 výtěžnost přibližně 77 %). Nicméně tato skutečnost je dle daňové správy zapříčiněna jednak složitostí právních norem a jejich četnými změnami, ale zejména vynalézavostí některých skupin daňových poplatníků ve snaze hledat a využít skulin v obsáhlých právních předpisech. Dochází k situacím, kdy poplatníci sice daň přiznají, ale nezaplatí ji. Při vymáhání pak vyjde najevo, že nevlastní žádný majetek, který by mohl být v rámci daňové exekuce zabaven.
Daňová správa klade velký důraz na výběr především rizikových daňových subjektů, u kterých existuje reálný předpoklad nesplnění zákonných povinností, a při následných četných cílených kontrolách využívá e‑auditních metod práce, které umožňují efektivně realizovat kontrolu,
uvedl generální ředitel daňové správy. Dodává, že za loňský rok vybrala na daních celkem 548 mld. Kč a v rámci daňových kontrol doměřila na všech daních celkem 8,3 mld. Kč, tedy o 3,6 mld. Kč více než v roce 2009, a snížila daňovou ztrátu v celkové výši 2,1 mld. Kč. K pozitivním výsledkům kontrol minulého roku přispěla i velmi úspěšná akce zaměřená na kontrolu obchodování s pohonnými hmotami.
