Finanční podporu na svoji činnost mohou požadovat i podnikatelé v oblasti rybářství. Prostředky se sdružují jak v národních fondech, tak i v evropských. Základ tvoří tři programy – národní resortní podpora, Operační program a Podpůrný a garanční rolnický a lesnický fond (PGRLF).
Národní resortní podpora se poskytuje do oblasti akvakultury a sladkovodního rybolovu. Přidělování se řídí podle „Zásad“, kterými se stanovují podmínky pro poskytování dotací na základě § 2 a § 2d zákona č. 252/1997 Sb., o zemědělství.
Operační program čerpá finance pro roky 2007 – 2013 z Evropského rybářského fondu. Svoji pomoc zaměřuje na podporu udržitelného rozvoje, zpracování a uvádění na trh produktů akvakultury. Zohledňuje také environmentální, ekonomické a sociální hlediska Společné rybářské politiky EU. Celkem čeká na rozdělení 36 milionů eur i s vládní podporou.
Podpůrný a garanční rolnický a lesnický fond poskytuje záruky na úvěry podnikatelských subjektů v oblasti zemědělství, lesnictví, vodního hospodářství a průmyslu zabývajícího se zpracováním produkce ze zemědělské výroby. Pravidla přidělování se řídí Pokyny pro poskytování podpor.