Podnikající fyzická osoba si může vybrat, jak bude evidovat svoje podnikatelské aktivity. Volit může mimo jiné mezi účetnictvím a daňovou evidencí. Vedení daňové evidence je upraveno v zákoně o daních z příjmů a vedení účetnictví je upraveno zákonem o účetnictví. Za základní rozdíl při vedení daňové evidence a účetnictví pro fyzické osoby je zjištění základu daně. Zatímco při vedení daňové evidence se vychází z rozdílu mezi příjmy a výdaji, při vedení účetnictví se vychází z rozdílu mezi výnosy a náklady. Pokud by se tedy sešly dvě podnikající fyzické osoby, které by měly totožné účetní doklady, ale jedna z nich by vedla účetnictví a druhá daňovou evidenci, mohlo by dojít ke stanovení rozdílného základu daně.