Deník příjmů a výdajů je nejdůležitější knihou daňové evidence. V deníku není potřeba rozlišovat, zda se jedná o příjmy či výdaje v hotovosti nebo o pohyby na bankovním účtu. Nemusí se rovněž dopočítávat ani průběžné zůstatky hotovosti a peněz v bance. Tyto údaje podnikatelé nemusí vyplňovat ani do daňového přiznání. I přesto podnikatelé, snad i pro vlastní potřeby, často hotovostní a bezhotovostní příjmy a výdaje rozlišují přesně.
V deníku příjmů a výdajů podnikatel naopak povinně rozliší příjmy a výdaje tzv. daňově účinné, což jsou položky, které ovlivňují základ daně, a příjmy a výdaje neovlivňující základ daně. Každý daňový výdaj musí být doložen příslušným dokladem. Doklady musí být očíslovány, pro lepší přehlednost se doporučuje i seřazení podle data.