Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 190/2009 Sb. Čl. II
1. Bezpečnostní archivy, které vykonávají činnost podle dosavadních právních předpisů, se považují ke dni nabytí účinnosti tohoto zákona za akreditované. Jejich zřizovatelé prokáží do 3 let ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona Ministerstvu vnitra, že bezpečnostní archivy splňují podmínky stanovené v § 61, pokud tak dosud neučinily.
2. Určení původci uvedou své spisové služby, elektronické systémy spisové služby vykonávané v elektronické podobě a spisové řády do souladu se zákonem č. 499/2004 Sb., ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona, do 3 let ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona.
3. Po dobu 3 let ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona se dokumenty v digitální podobě určené ke skartačnímu řízení převádějí po uzavření spisu do analogové podoby.
Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 167/2012 Sb. Čl. II
Kategorizace archiválií a úkony související s jejím prováděním učiněné do dne nabytí účinnosti tohoto zákona zůstávají jejím zrušením nedotčeny.
Přechodné ustanovení zavedeno zákonem č. 56/2014 Sb. Čl. II
Řízení zahájená přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona se dokončí podle dosavadních právních předpisů.
Přechodné ustanovení zavedeno zákonem č. 298/2016 Sb. Čl. XLIV
Po dobu 2 let ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona lze namísto kvalifikovaného elektronického časového razítka podle § 69a odst. 4 zákona č. 499/2004 Sb., ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona, použít elektronické časové razítko vydané kvalifikovaným poskytovatelem služeb vytvářejících důvěru.