Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 261/2011 Sb. Čl. II
1. Námořní zařízení, které bylo na palubu námořního plavidla umístěno do 10. září 2009, nemusí být pro účely schvalování souladu s námořními úmluvami označeno značkou shody podle nařízení vlády o technických požadavcích na námořní zařízení.
2. Pověření klasifikačních společností, právnických a fyzických osob provedená podle zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném do dne nabytí účinnosti tohoto zákona, zůstávají v platnosti.
3. Správní řízení zahájená přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona se dokončí a práva a povinnosti s nimi související se posuzují podle dosavadní právní úpravy.
4. Rekreační jachty evidované přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona se provozují podle dosavadních právních předpisů.
Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 81/2015 Sb. Čl. II
1. Na námořní plavidla postavená přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona a na námořní plavidla, jejichž stavba byla započata položením kýlu přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, se použijí požadavky na jejich vybavení vhodnými prostorami podle § 66 zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona.
2. Pokud byly pro účely určité námořní plavby uzavřeny pracovní smlouvy se členy posádky námořního plavidla přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona a plavba nebyla před tímto dnem ukončena, použijí se pro povinnosti provozovatele a velitele námořního plavidla a pro úpravu pracovněprávních poměrů členů posádky plavidla při této námořní plavbě § 24, 25, 27 a část pátá zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona.
3. Právnické osoby pověřené nebo schválené Úřadem podle § 45 zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, se považují za právnické osoby akreditované podle § 45 zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona.
4. Průkazy způsobilosti vydané podle zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, zůstávají v platnosti i po dni nabytí účinnosti tohoto zákona, a to do uplynutí doby jejich platnosti, nejpozději však do 31. prosince 2016.
5. Držitel průkazu způsobilosti vydaného podle zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, je oprávněn požádat Úřad o výměnu tohoto průkazu za průkaz způsobilosti podle zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona. Doba platnosti průkazu způsobilosti podle zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona, se shoduje s platností vyměňovaného průkazu způsobilosti, nepřesáhne však 31. prosince 2016. Spolu s novým průkazem způsobilosti vydá Úřad i osvědčení o zdravotní způsobilosti; platnost osvědčení je stejná jako platnost nového průkazu způsobilosti, nepřesáhne však 2 roky.
6. Řízení o vydání nebo odnětí průkazu způsobilosti a řízení o přezkumu odborné nebo zdravotní způsobilosti zahájená přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona se dokončí podle zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona.
7. Držitel průkazu způsobilosti vydaného podle zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, jehož doba platnosti skončí před 31. prosincem 2016, je oprávněn požádat Úřad o vydání průkazu způsobilosti postupem podle zákona č. 61/2000 Sb., ve znění účinném přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona. Úřad v takovém případě omezí platnost vydaného průkazu způsobilosti do 31. prosince 2016.