Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 245/2011 Sb. Čl. II
1. Pověření k výkonu činnosti referenční laboratoře vydaná podle zákona č. 326/2004 Sb., ve znění účinném do dne nabytí účinnosti tohoto zákona, pozbývají platnosti uplynutím dne 30. června 2012.
2. Osvědčení o způsobilosti k provádění pokusů a zkoušek vydaná podle zákona č. 326/2004 Sb., ve znění účinném do dne nabytí účinnosti tohoto zákona, pozbývají platnosti uplynutím 5 let ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona.
3. Správní řízení, která nebyla pravomocně skončena přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, se dokončí podle dosavadních právních předpisů.
Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 199/2012 Sb. Čl. II
1. Osoby, které jsou držiteli osvědčení o odborné způsobilosti pro nakládání s přípravky na základě vykonání zkoušky zajišťované Státní rostlinolékařskou správou podle zákona č. 326/2004 Sb., o rostlinolékařské péči a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění účinném do dne nabytí účinnosti podle zákona č. 326/2004 Sb., ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona, se považují za držitele osvědčení třetího stupně podle tohoto zákona. Těmto osobám a osobám se vzděláním podle § 82 odst. 2 a 5 zákona č. 326/2004 Sb., ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona, na jejich žádost vydá od 1. ledna 2013 Státní rostlinolékařská správa osvědčení druhého nebo třetího stupně.
2. Do 31. prosince 2012 lze získávat osvědčení o odborné způsobilosti pro nakládání s přípravky podle zákona č. 326/2004 Sb., ve znění účinném do dne nabytí účinnosti tohoto zákona.
Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 279/2013 Sb. Čl. III
1. Státní rostlinolékařská správa se dnem nabytí účinnosti tohoto zákona slučuje s Ústředním kontrolním a zkušebním ústavem zemědělským a jako správní úřad, organizační složka státu a účetní jednotka zaniká.
2. Řízení zahájená Státní rostlinolékařskou správou podle dosavadních právních předpisů a neskončená přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona dokončí Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský.
3. Příslušnost hospodařit s majetkem České republiky, s nímž byla do dne nabytí účinnosti tohoto zákona příslušná hospodařit Státní rostlinolékařská správa, jakož i výkon práv a povinností České republiky z pracovněprávních vztahů, které do dne nabytí účinnosti tohoto zákona vykonávala Státní rostlinolékařská správa, přecházejí dnem nabytí účinnosti tohoto zákona na Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský.
4. Práva a povinnosti České republiky z pracovněprávních vztahů zaměstnanců, jejichž pracovní poměr v rámci Státní rostlinolékařské správy skončil přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, vykonává počínaje dnem nabytí účinnosti tohoto zákona Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský.
5. Finanční prostředky na účtech Státní rostlinolékařské správy se dnem nabytí účinnosti tohoto zákona stávají příjmem Ústředního kontrolního a zkušebního ústavu zemědělského. Členění prostředků rezervního fondu a jejich účelové určení zůstává zachováno.
6. Práva a závazky České republiky, které do dne nabytí účinnosti tohoto zákona vykonávala a plnila Státní rostlinolékařská správa, jakož i práva a povinnosti vyplývající z jiných právních předpisů, které souvisejí s činností zajišťovanou do dne nabytí účinnosti tohoto zákona Státní rostlinolékařskou správou, vykonává a plní počínaje dnem nabytí účinnosti tohoto zákona Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský.