Přechodné ustanovení zavedeno zákonem č. 557/2004 Sb. Čl. II
Ustanovení čl. I bodů 1 až 11 a 13 tohoto zákona se použijí poprvé pro rozpočtový rok 2005.
Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 477/2008 Sb. Čl. II
1. Majetek ve vlastnictví příspěvkové organizace ke dni nabytí účinnosti tohoto zákona není ustanoveními tohoto zákona dotčen s výjimkou majetku převedeného na ni bezúplatně zřizovatelem. S tímto majetkem příspěvková organizace naloží podle § 27 odst. 6 zákona č. 250/2000 Sb., ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona.
2. Zřizovatel přizpůsobí zřizovací listinu zákonu č. 250/2000 Sb., ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona, do 7 měsíců ode dne nabytí jeho účinnosti.
3. Porušení rozpočtové kázně, ke kterému došlo přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, se posuzuje a odvod, penále a pokuta se uloží podle zákona č. 250/2000 Sb., ve znění účinném do dne nabytí účinnosti tohoto zákona.
4. Řízení o uložení odvodu a penále nebo pokuty za porušení rozpočtové kázně zahájená přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona se dokončí podle zákona č. 250/2000 Sb., ve znění účinném do dne nabytí účinnosti tohoto zákona.
Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 465/2011 Sb. Čl. IV
1. Pokud platební výměr, kterým se stanoví odvod za porušení rozpočtové kázně nebo penále za prodlení s odvodem za porušení rozpočtové kázně, nabyl právní moci do dne nabytí účinnosti tohoto zákona, zaniká právo podat žádost o prominutí nebo částečné prominutí tohoto odvodu nebo penále uplynutím 1 roku ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona. Lhůta 1 roku neběží ode dne podání návrhu na obnovu řízení do dne pravomocného skončení obnoveného řízení nebo do dne pravomocného zamítnutí obnovy řízení, ode dne zahájení přezkumného řízení podle daňového řádu do dne pravomocného skončení tohoto řízení a ode dne zahájení řízení podle soudního řádu správního o žalobě proti rozhodnutí správce daně do dne pravomocného skončení tohoto řízení nebo do dne pravomocného skončení řízení o kasační stížnosti.
2. Pokud přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona příspěvková organizace porušila rozpočtovou kázeň při nakládání s peněžními prostředky poskytnutými z rozpočtu zřizovatele, které zřizovatel obdržel ze státního rozpočtu, z rozpočtu státního fondu, z rozpočtu Regionální rady regionu soudržnosti nebo z Národního fondu za účelem jejich poskytnutí právnické nebo fyzické osobě na základě svého rozhodnutí, a do dne nabytí účinnosti tohoto zákona nebyl odvod uložen, uloží se podle zákona č. 250/2000 Sb., ve znění účinném do dne nabytí účinnosti tohoto zákona.
3. Žádost podle § 28 odst. 9 zákona č. 250/2000 Sb., ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona, o snížení nebo prominutí odvodu za porušení rozpočtové kázně uloženého do dne nabytí účinnosti tohoto zákona, je možno podat do 1 roku ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona.