Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 358/1999 Sb. Čl. III
1. Provozovatelé plavidel, kteří provozují vodní dopravu pro cizí potřeby na základě koncese, jsou povinni do 2 let ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona předložit příslušnému živnostenskému úřadu osvědčení o odborné způsobilosti vydané plavebním úřadem; nepředloží-li v této lhůtě osvědčení, jejich živnostenské oprávnění zaniká a tyto osoby jsou povinny neprodleně vrátit koncesní listinu živnostenskému úřadu.
2. Fyzické a právnické osoby uvedené v § 23 odst. 4 jsou povinny zahájit rádiový provoz nejpozději do 2 let ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona.
Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 309/2008 Sb. Čl. II
1. Řízení o schválení způsobilosti plavidla k provozu na vodní cestě a o schválení typu plavidla zahájená přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona se dokončí podle dosavadních právních předpisů a plavební úřad vydá osvědčení plavidla podle zákona č. 114/1995 Sb., o vnitrozemské plavbě, ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona, pokud plavidlo splňuje požadavky na bezpečnost podle zákona č. 114/1995 Sb., o vnitrozemské plavbě, ve znění účinném do dne nabytí účinnosti tohoto zákona.
2. Osvědčení plavidla, vydaná přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, zůstávají v platnosti po dobu, na kterou byla vydána. Platnost těchto osvědčení nelze po dni nabytí účinnosti tohoto zákona prodloužit, s výjimkou osvědčení malých plavidel, plovoucích zařízení a převozních lodí.
3. Platnost rozhodnutí Ministerstva dopravy o pověření osoby k vydávání odborných technických posudků podle dosavadních právních předpisů zaniká dnem nabytí účinnosti tohoto zákona. Ustanovení bodu 1 tím není dotčeno.
4. Vodní skútry a plavidla pro plavbu v kluzu lze provozovat na vodních cestách vymezených plavebními znaky podle dosavadních právních předpisů nejpozději do 31. prosince 2009.