Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 147/2001 Sb. Čl. III
1. Akreditace studijních programů udělené podle dosavadního zákona o vysokých školách jsou tímto zákonem nedotčeny. Ke studiu v akreditovaných magisterských studijních programech však mohou být uchazeči přijímáni pouze do 31. prosince 2003, pokud rektor nebo orgán vykonávající působnost rektora nepodá v této lhůtě Ministerstvu školství, mládeže a tělovýchovy žádost o akreditaci nebo její prodloužení nebo rozšíření podle § 79 nebo § 80 odst. 2 a 3 dosavadního zákona o vysokých školách; v případě podání žádosti zůstává do rozhodnutí Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy v platnosti udělená akreditace.
2. Habilitační řízení a řízení ke jmenování profesorem zahájená přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona mohou být dokončena podle dosavadního zákona o vysokých školách nejpozději do 31. prosince 2002.
Přechodná ustanovení zavedena zákonem č. 121/2004 Sb. Čl. V
1. Vysoké školy jsou povinny předložit Ministerstvu školství, mládeže a tělovýchovy žádost o akreditaci zdravotnického magisterského studijního programu zubní lékařství do 30 dnů ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona. Obsah a rozsah nového studijního programu zubní lékařství musí odpovídat minimálním požadavkům stanoveným zvláštním právním předpisem a být v souladu s právem Evropských společenství.1) Přijímat studenty do zdravotnického magisterského studijního programu stomatologie lze naposledy pro akademický rok 2003/2004. Pro akademický rok 2004/2005 se studenti přijímají pouze do zdravotnického magisterského studijního programu zubní lékařství. Studenti přijatí ke studiu zdravotnického magisterského studijního programu stomatologie mohou studium dokončit podle zdravotnického magisterského studijního programu zubní lékařství.
2. Vysoké školy jsou povinny předložit Ministerstvu školství, mládeže a tělovýchovy žádost o akreditaci zdravotnického magisterského studijního programu farmacie (dále jen "nový studijní program farmacie") do 30 dnů ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona. Obsah a rozsah nového studijního programu farmacie musí odpovídat minimálním požadavkům stanoveným zvláštním právním předpisem a být v souladu s právem Evropských společenství.2) Přijímat studenty do zdravotnického magisterského studijního programu farmacie lze naposledy pro akademický rok 2003/2004. Pro akademický rok 2004/2005 se studenti přijímají pouze do nového studijního programu farmacie. Studenti přijatí ke studiu dosavadního zdravotnického magisterského studijního programu farmacie mohou studium dokončit podle nového studijního programu farmacie.
3. Vysoké školy jsou povinny předložit Ministerstvu školství, mládeže a tělovýchovy žádost o akreditaci bakalářských studijních programů pro přípravu všeobecných sester a bakalářských studijních programů pro přípravu porodních asistentek do 30 dnů ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona. Obsah a rozsah nových studijních programů musí odpovídat minimálním požadavkům stanoveným zvláštním právním předpisem a být v souladu s právem Evropských společenství.3) Přijímat studenty do dosavadních zdravotnických bakalářských studijních programů pro přípravu všeobecných sester a porodních asistentek lze naposledy pro akademický rok 2003/2004. Pro akademický rok 2004/2005 se studenti přijímají pouze do nových studijních programů pro přípravu všeobecných sester a porodních asistentek. Studenti přijatí ke studiu dosavadních zdravotnických bakalářských studijních programů pro přípravu všeobecných sester a porodních asistentek mohou studium dokončit podle nových studijních programů.
Čl. II zaveden předpisem č. 552/2005 Sb.
Čl. II
1. Právnické osoby uvedou svůj název do souladu s tímto zákonem nejpozději k 31. prosinci 2007.
2. Právní úkony učiněné před účinností tohoto zákona podle dosavadního zákona o vysokých školách orgánem veřejné vysoké školy nebo orgánem součásti veřejné vysoké školy zůstávají tímto zákonem nedotčeny.
3. Vyměření poplatku spojeného se studiem podle dosavadního zákona o vysokých školách provedené vysokou školou před účinností tohoto zákona zůstává tímto zákonem nedotčeno.
4. Pro studijní programy, které jsou platné ke dni účinnosti tohoto zákona, jejichž platnost byla udělena na maximální dobu platnosti přípustnou v době udílení akreditace a u nichž byla akreditace udělena bez dalších omezujících podmínek, ministerstvo prodlouží akreditaci na dobu stanovenou tímto zákonem, pokud o to vysoká škola písemně požádá ve lhůtě do dvou měsíců od nabytí účinnosti tohoto zákona.
5. Akreditace habilitačního řízení nebo řízení ke jmenování profesorem v daném oboru zůstávají tímto zákonem nedotčeny s výjimkou akreditací, u kterých nebyla stanovena doba akreditace; akreditace u těchto oborů zaniká dnem 31. prosince 2015.
6. Osoba, která počala vykonávat funkci rektora nebo děkana na základě jmenování přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, se považuje za osobu, která vykonávala nebo vykonává tuto funkci na základě jmenování podle nové právní úpravy. Délka funkčního období, na něž došlo ke jmenování přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, se však posuzuje podle dosavadní právní úpravy.
Čl. IV zaveden předpisem č. 624/2006 Sb.
Čl. IV
Zákon č. 111/1998 Sb., o vysokých školách a o změně a doplnění některých zákonů (zákon o vysokých školách), ve znění pozdějších předpisů, se ve znění tohoto zákona použije poprvé pro rozpočtový rok 2006.
Čl. VI zaveden zákonem č. 110/2009 Sb.
Čl. VI
Vznik, trvání, změny a skončení pracovního poměru akademického pracovníka sjednaného před účinností tohoto zákona se řídí dosavadními právními předpisy.
Čl. X zaveden zákonem č. 365/2011 Sb.
Čl. X
Pracovní poměry na dobu určitou podle § 70 odst. 4 zákona č. 111/1998 Sb., ve znění účinném do dne nabytí účinnosti tohoto zákona, se až do jejich skončení řídí dosavadními právními předpisy.